Карты должны лежать в папке "\data\Maps\".
Т.е. если "GisRX" установлена в "c:\gisrx", то карты должны лежать в "C:\gisrx\data\Maps\"
Каждый набор карт должен лежать в отдельной папке. Например, хотим использовать Архангельскую и Вологодскую область вместе. Для этого нужно сделать новую папку, например "MyAtlas". Т.е. получится путь "c:\gisrx\data\Maps\MyAtlas".
В этой папке и должны лежать файлы с расширением ".rxm".
Если данный атлас единственный, то "GisRX" сама его подключит автоматически.
Если же в папке Maps уже был используемый атлас, то нужно включить использование нового атласа в программе. Для этого нужно зайти в "Главное меню" и нажать кнопку настроек.
Затем кнопку "Атласы" и выбрать нужный атлас.

или откройте папку карты с страницы "Настройки" в программе Windows.
Примечание! В Ваш атлас кидаем только распакованные карты, т.е. они должны быть с расширением rxm.
Карты в формате rxm архивированы популярным архиватором "7z"
скачайте 7-zip и разархивируйте.
Type exe Windows 32-bit Size 1 MB
http://downloads.sourceforge.net/sevenzip/7z465.exe
Type msi Windows x64 Size 1 MB
http://downloads.sourceforge.net/sevenzip/7z465-x64.msi
Сайт разработчика http://www.7-zip.org/